Алексей Сычёв ([info]alesytchev) wrote,

ЭКГ, простой способ получения данных.

Для дипломной работы мне необходимы было получить цифровые данные электрокардиограммы (ЭКГ). Я потратил на поиски достаточно сил, чтобы сесть и написать это сообщение с одной целью — чтобы вам не пришлось заново проходить мой путь в поиске.

С радостью расскажу, как можно легким путем получить данные из базы данных.

На странице
http://www.physionet.org/physiobank/database/
перечислены все имеющиеся записи. Они достаточно разнообразны и разбиты по группам
  • База записей с одновременной регистрацией различных параметров (Multi-Parameter Databases). Параметры в таких записях достаточно разнообразны: это может быть ЭКГ, артериальное давление, дыхание, насыщение кислородом, и многие другие параметры.

  • Базы данных ЭКГ (ECG Databases).

  • База данных ЧСС (частота сердечных сокращений). В списке баз данных она озаглавлена “Interbeat (RR) Interval Databases”.

  • “Gait Databases” — «база ходьбы», база данных по моторным функциям, рассматриваемых в основном, в контексте болезни Паркинсона.

  • “Neurological Databases” — неврологическая база.

  • “Image Databases” — графическая база данных содержит только одну совокупность изображений магнитно-резонансной ангиографии.

  • “Synthetic Databases” — честно говоря, я не понял, что именно содержится в этой базе.


Вы выбираете себе нужную базу, например

[Class 1] ANSI/AAMI EC13 Test Waveforms. These 10 short recordings are specified by the current American National Standard for testing various devices that measure heart rate.

Т. е. русским языком говоря, это десять коротких эталонных записей, которые используются для проверки устройств, предназначенных для измерения сердечного ритма.
Это как раз первая запись в списке баз данных ЭКГ (ECG Databases).

Теперь запомните её название — “ANSI/AAMI EC13 Test Waveforms”.
Далее следует перейти к сервису выдачи данных в текстовом виде:
http://www.physionet.org/cgi-bin/rdsamp
из списка баз данных следует выбрать ту, название которой мы только что запомнили, и нажать на рядом стоящую кнопку “Continue”.

После этого откроется окно с параметрами выбора:
Record — запись, которую мы хотим получить. Заметьте, их всего десять, как нам и обещали в аннотации к базе.
Start Time — поставьте ноль (единица измерения — секунды).
End Time — в первый раз лучше поставить единицу (единица измерения — тоже секунды).
Нажмите “Show samples” и у вас на экране появится длинный список значений, несмотря на то, что это всего лишь значения от начала до первой секунды.
В качестве значения “End Time” можно поставить и “end”, но лучше этого не делать (особенно, если у вас оплата интернета за трафик), а маленькими предсказуемыми порциями по 5—10 секунд получать данные.
Если вы увидели, то там есть также возможность послать эти данные на электронную почту. Но этот вариант мне кажется более сложным, поскольку надо будет ещё ждать прихода сообщения, а к тому же, если вы работаете с почтой через веб-интерфейс, то этот способ будет для вас однозначно сложнее.

Есть также и сервис
http://www.physionet.org/cgi-bin/chart
который по обозначенному выше алгоритму действий выводит график сигнала.

Успехов вам в вашей научной деятельности.
Tags: work, польза, работаю, ссылка

  • Post a new comment

    Error

  • 16 comments

[info]cgem

November 18 2006, 22:54:26 UTC 5 years ago

Моя тема - анализ ЭЭГ, и я знаю народ, который занимается ЭКГ. Привет, коллега :)

[info]alesytchev

November 19 2006, 04:49:17 UTC 5 years ago

Привет :)

[info]darwen

November 19 2006, 15:46:43 UTC 5 years ago

Спасибо, пригодится :)

[info]alesytchev

November 19 2006, 15:57:46 UTC 5 years ago

Пожалуйста :).
Кстати, очень понравилось ваше определение многочлена.

[info]darwen

November 19 2006, 19:37:01 UTC 5 years ago

Многочлен давно придумался :)

[info]wacca

November 19 2006, 16:59:51 UTC 5 years ago

Добрый день!
Я посмотрела ваше юзеринфо, насколько я поняла, вы не врач.
Ваша дипломная работа связана именно с программной обработкой ЭКГ?

[info]alesytchev

November 19 2006, 17:21:02 UTC 5 years ago

Добрый день, Женя. Да, вы правы, я не врач, но математик-программист.

А цель дипломной работы — на основе скрытых марковских моделей (есть такой математический аппарат) спроектировать систему, которая по входному ЭКГ сигналу могла бы поставить диагноз и его обосновать.

Быстрые и неприхотливые в работе, скрытые марковские модели необходимо в момент их рождения раз и навсегда настроить. А настраивать их тяжело, поскольку существующие методы оптимизации не обеспечивают гарантированный результат.

[info]wacca

November 19 2006, 17:36:17 UTC 5 years ago

Это очень интересно!
Если не затруднит, не могли бы вы чуть подробней рассказать о работе.
Использовали вы ли в работе электрокардиограф или пользовались уже имеющимися результатами, например, из найденной вами базы данных? Если предполагается использовать ЭКГ-аппарат, то это обычный больничный монитор или вы сами делали свой девайс?
Диагноз предполагается на уровне заключения по ЭКГ или уже клинический диагноз?

[info]alesytchev

November 19 2006, 18:22:53 UTC 5 years ago

Да, Женя, с удовольствием отвечу вам.
В работе я сейчас пользуюсь только данными из базы, о которой говорил. Впоследствии, после настройки моделей, думаю, будет возможность испытать их на данных с реальных электрокардиографов. Особой технической сложности я в этом не вижу, поскольку есть определенные стандарты на выходные данне электрокардиографа.

«Своё» устройство не рассматривается в принципе. Но (!) есть возможность проектировки модуля для современных российских электрокардиографов, которые будут «ставить диагноз» на основе полученной ЭКГ.

Поскольку, как я заметил, вы интересуетесь медициной, вам будут ясны причины, по которым подобная система не предназначена для постановки клинического диагноза. ЭКГ являетсь частью комплекса диагностики, и сопоставлять её необходимо с анамнезом и другими факторами. Как мне рассказывал Александр Ефимович Ажеганов (руководитель по медицинской части), бывают случаи, когда ЭКГ регистрирует инфаркт, а человек живет себе спокойно с этим инфарктом и даже не подозревает о нем (и проживет ещё долго), хотя в других случах такая же ЭКГ определенно у пациентов, которым требуется срочная реанимация.

Основное назначение системы такое же, как и у зарубежных аналогов:
  1. Поставить предварительный диагноз, дав объяснение, по каким именно признакам и почему поставлен именно этот диагноз. Эта задача актуальна в каретах скорой помощи, где нет врача-кардиолога.
  2. Проследить за изменением (в том числе и резким изменением) состояния пациента (когда, например, он лежит в стационаре), а затем сигнализировать о таком изменении кардиологу.

[info]wacca

November 19 2006, 21:04:59 UTC 5 years ago

Большое спасибо, Алексей!

Я занимаюсь ветеринарией, и ЭКГ мне важно в первую очередь для этих целей:)
Насколько я понимаю, то, что вы делаете, штука очень полезная для врача с мозгами. Врачи-не кардиологи нечасто умеют читать ЭКГ, для них такой монитор будет подспорьем. Но, к сожалению, далеко не все врачи понимают ЭКГ-заключения. Таким, боюсь, и ваша программа не поможет.
Чтобы следить за дальнейшим развитием мысли, добавила вас в друзья.
Если не сложно, пишите, как будет продвигаться диплом, это очень интересно. На конечный продукт тоже будет весьма интересно посмотреть.

[info]alesytchev

November 20 2006, 18:33:55 UTC 5 years ago

Женя, я с радостью напишу, как именно будет продвигаться диплом. Я уже поставил это в план. Следующий пост на тему диплома будет именно о СММ. Вот как доведу до ума перевод статьи по СММ, так сразу и опубликую.
Очень приятно, что вам интересна тема моего диплома. :)

Anonymous

March 18 2007, 16:25:48 UTC 5 years ago

Здравствуйте, alesytchev
Недавно начал заниматься похожей темой - автоматизация анализа вариабильности сердечного ритма. Столкнулся с проблемой определения узловых точек кардиокомплекса. Что бы вы могли посоветовать: вейвлет-анализ, пороговый метод или еще к-либо метод? На сколько сложны в реализации различные методы?

//Jazzila
Jazzila@yandex.ru

[info]alesytchev

March 19 2007, 13:11:09 UTC 5 years ago

Jaziila, добырый день. Меня зовут Алексей. Если вы представитесь, мне будет приятнее с вами общаться.

В своей работе я пока успешно обхожусь без определения узловых точек. У меня мало опыта по части различных методов и их результативности, но вот мне известна работа определения длины QT интервалала с помощью скрытых марковских моделей.
Отчет этот можно скачать с этой страницы:
http://www.robots.ox.ac.uk/~nph/Pubs/nips03.html

Успехов.

[info]markpolyak.ya.ru

February 20 2010, 20:00:21 UTC 2 years ago

Огромное вам спасибо! Я тоже математик-программист, тема диплома связана с обработкой экспериментальных данных (применение различных алгоритмов для анализа тонкой структуры случайных процессов). Долго и безуспешно пытался найти цифровые данные ЭКГ, и вот наконец-то Яндекс указал на Вашу заметку =)

Anonymous

March 15 2010, 11:34:02 UTC 2 years ago

Алексей, спасибо огромное за ваши записи и рекомендации, наконец моя дипломная работа начала продвигаться. Еще где-то возможно просмотреть какую-то информацию по вашей работе или это только в пределах 2х записей ЖЖ? Я тоже математик-программист, изначально хотела распознавать данные ЭГК по изображению, но уперлась в не проходящую стену. Спасибо за ссылки на БД, даже не знаю как вас благодарить :DDD
Аня

Anonymous

March 16 2010, 10:17:10 UTC 2 years ago

Аня, спасибо за добрые слова.
Если хотите, в ближайшее время я смогу ответить на ваши вопросы касаемо ЭКГ и моей дипломной работы. Работу я могу выложить в сеть — сможем обсудить и её, и ваши идеи.
Алексей.
Create an Account
Forgot your login or password?
Facebook Twitter More login options
English • Español • Deutsch • Русский…